زندان اسکندر یا به بیانی دیگر مدرسه ضیائیه، در حقیقت در حال حاضر مدرسه ‌ای است که در حدود ۸ قرن از قدمت آن می گذرد. این بنای تاریخی در محله فهادان شهر یزد در مجاورت بقعه ی ۱۲ امام شهر یزد واقع شده ‌است. این ساختمان تاریخی دارای یک حیاط است که ۳ ایوان در گرد و اطراف آن قرار گرفته است. در گوشه ی حیاط این بنا، گنبد خانه ای قدیمی و تاریخی با ارتفاع زیاد‌ قرار گرفته است که متعلق به قرن ۷ هجری قمری است و خود مستقل می تواند اثری تاریخی محسوب گردد.
از بخش‌های مختلفی که در بنای تاریخی مدرسه ی ضیائیه و یا همان زندان اسکندر قرار دارد  ‌می‌توان به وجود یک چاه با قطری برابر با حدود ۲ متر در وسط حیاط این بنا که بین مدرسه ضیائیه یا زندان اسکندر بودنش شک داریم، اشاره نمود که در نهایت به سردابی به عمق حدود ۵ متر می رسد. کف سرداب این مکان حوضی قدیمی موجود است که از جمله آثار به جای مانده از بنای اولیه ی ساختمانی است‌ که در قرن ۷ هجری ساخته شده است. این بنا در نزدیکی  خانه‌ی لاری‌ها (و موزه سکه و مردم‌شناسی حیدرزاده نیز قار گرفته است.
زندان یا مدرسه؟ مسئله این است. ما به این سوال شما پاسخ خواهیم داد. در واقع در زمان حمله ی اسکندر این بنا به عنوان یک زندان ساخته شد و مدت ها به همین عنوان از آن استفاده ی کاربری می شده است. اما در ادامه ی مسیر قدمت پر افت و خیز این بنا، زندانی که محل محبوس شدن عده ی زیادی بود، تبدیل به مکانی برای تحصیل علم و دانش افراد بسیار دیگری شد. بله این مدرسه از زندان به یک مدرسه تبدیل شد! در رابطه با شهرت مدرسه ی ضیائیه یا همان زندان اسکندر باید این مورد را گفت که علاوه بر روایت های مختلفی که از آن موجود است یکی از آن ها بسیار از دیگری منطقی تر است. این روایت می گوید که چون گروهی از تبعیدیان اسکندر به یزد‌ آمدند چندین عامل همچون ویژگی های جغرافیایی، دور‌دستی و سختی راه یافتن به یزد و دوری آن  از مراکز بزرگ و پر رفت و آمد در گذشته های دور، ساخت این زندان را موجب شده است.
همچنین روایتی دیگر می گوید که زندان اسکندر در یزد در سال ۶۳۱ هجری قمری توسط یکی از عرفای مشهور که معروف به ضیاءالدین حسین رضی بنا شده است و در سال ۷۰۵ هجری قمری توسط پسرانش مجدالدین حسن و شرف‌الدین علی مورد بازسازیس و تکمیل قرار گرفته شد. البته باز هم این احتمال وجود دارد که زندان اسکندر در واقع بقایای یکی از خانه های خاندان رضی و گنبد باقی مانده از بقعه و قبور آن ها بوده باشد. همانطور که می بینید روایات زیاد است اما چیزی که از آن مطمئن هستیم این است که این مدرسه از زندان به چنین محلی تاریخی و با قدمت تبدیل شده است.
گنبد این بنای تاریخی  که از بالا تا پایین آن مصالح ی که برای ساختش به کار برده شده است، از خشت خام گلی بوده است. این بنای زیبا که کاربری های عجیبی داشته است، دارای تزئینات و نمایی از آرایش های ساختمانی گچ بری و نقاشی با آبرنگ طلایی و لاجوردی است که البته در حال حاضر قسمت هایی از آن ‌روی گچ سفید باقی مانده است‌. اندازه ی طول هر کدام از اضلاع ۴ طرف گنبد ۸/۸ متر‌و ارتفاع بقعه ۱۸ متر است. فاصله ی ‌دهنه ‌ی سرداب هم برابر با ۵/۹ متر است‌.
داخل ۴ دیوار گنبد، کتیبه هایی وجود داشته که در حال حاضر متاسفانه از این کتیبه های داخل گنبد اثر چندانی باقی نمانده است و در اثر زمان بسیاری از آنان از میان رفته اند. اما بسیاری از نشانه های آن که اطلاعات مفیدی را ببیندگان خود و باستان شناسان بدهد هنوز هم موجود است از جمله این که مشخص است که خط کتیبه ها کوفی بوده و شکل نگارش و کار کتیبه های این بنا همانند کارها و آثار گنبدی دیگر همچون گنبد هشت، مدرسه شاه کمالیه و بقعه ی فهادان می باشد. درباره ی شبستان مدرسه ی ضیائیه که بخواهیم توضیح دهیم باید بگوییم که این شبستان دارای محراب است و در اطراف صحن آن چندین و چند رواق ساخته شده است.
ضلع غربی محراب این شبستان دارای رواقی بزرگ تر و محرابی از جنس گچ است. صحن دیگری در این محوطه موجود است که به صحن پایابی مشهور است. این صحن با ۳۸ پله به عمق ۲/۸ متر از سطح زمین یکی از کاربردهایش این است که برای دسترسی به آب‌ ساخته و بنا شده است. از نوع مصالح به کاربرده شده در زندان اسکندر یا همان مدرسه ی ضیائیه در حال حاضر این گونه می توان برداشت کرد که این بنای حاضر، اغلب خشت هایی است که بعد از پیروزی انقلاب اسلامی ایران، گنبد آن توسط یکی از معماران به نام آن زمان، استاد آخوند خرمی با آجر مورد مرمت و بازسازی قرار گرفته شده است.
پس از انقلاب اسلامی این بنای با عظمت و زیبا و صد البته با ارزش تاریخی، به کوشش بی دریغ سازمان میراث فرهنگی کشور مورد باز پیرایی و مرمت قرار گرفته شده است و به صورت اولیه ی این بنا بازسازی و ترمیم شده است. این بنا با شماره ی ثبت ۷۷۰  در فهرست آثار ملی کشور به ثبت رسیده است.